Yksi hyvin toimivan rahoitusjärjestelmän tärkeimpiä ominaisuuksia on, että se edistää pääomien mahdollisimman suotuisaa suuntautumista (allokoitumista) taloudellisen kasvun kannalta. Rahoitusmarkkinoiden voidaan sanoa olevan sitä tehokkaammat mitä sujuvampaa tämä allokoituminen on. Terveen kilpailun edistäminen ja kaikkien markkinaosapuolten tasapuolinen kohtelu (level playing field) sääntelyssä ovat keskeisiä periaatteita tehokkuuden parantamisessa.
Suomen Pankissa on vireillä erilaisia rahoitusmarkkinoiden tehokkuutta analysoivia hankkeita. Rahoitusmarkkinoilla toimivien instituutioiden toiminnan tehokkuutta tarkastellaan esimerkiksi tuottavuuden ja/tai kustannustehokkuuden näkökulmasta. Tehokkaasti toimivat ja vakaat instituutiot edesauttavat omalta osaltaan rahoitusmarkkinoiden tehokkuuden toteutumista. Lisäksi analysoidaan mm. sääntelyn vaikutuksia tehokkuuteen.
Luotettavasti ja häiriöttä toimivat maksu- ja selvitysjärjestelmät ovat tehokkuuden ydin. Järjestelmien tehokkuutta voidaan edistää käyttämällä hyväksi uutta teknologiaa ja juohevia prosesseja. G10-maiden maksu- ja selvitysjärjestelmäkomitea (CPSS) julkaisi kymmenen systeemisesti merkittäviä maksujärjestelmiä koskevaa perusperiaatetta vuonna 2001. Nämä perusperiaatteet muodostavat keskuspankkien harjoittaman yleisvalvontapolitiikan perustan. Näissä periaatteissa mainitaan, että järjestelmän tulisi tarjota maksutapoja, jotka ovat käyttäjien näkökulmasta käytännöllisiä ja kokonaistaloudellisesti tehokkaita. Resursseja tulee siis käyttää tehokkaasti ja erityisesti kansainvälisten standardien käyttöön tulee kiinnittää huomiota, jotta sekä kotimaiset että maiden rajat ylittävät maksut saataisiin kulkemaan automatisoidusti.
Arvopaperien selvitys- ja toimitusjärjestelmiä koskevat standardit puolestaan korostavat tehokkuuden tärkeyttä paitsi kotimaassa, myös Euroopan integroitumisen yhteydessä. Lisäksi ne korostavat yhteensopivuutta eri järjestelmien kesken. Yhteensopivuus voidaan saavuttaa standardoimalla niin järjestelmän tekniset toiminnot kuin liiketoimintomallitkin.
Tehokkuuden määritteleminen ei kuitenkaan ole yksiselitteistä. Yleisvalvontastandardeissa tehokkuutta korostetaan järjestelmien turvallisuutta ja toimintavarmuutta täydentävänä tavoitteena. Toisaalta luotettavuus ja tehokkuus voivat olla myös ristiriitaisia päämääriä.